Вы можете отмечать внесение денежных средств в систему двумя способами:
1. Кнопкой, запускающей
Триггер. Инструкцию по настройке смотрите
здесь.
2. С помощью вкладки Управление.
Откройте заказ и перейдите на вкладку Управление. Выставьте флаг Принять оплату и введите сумму платежа. Вариант оплаты укажите Наличными. При необходимости укажите комментарий. Нажмите Выполнить.
После этого баланс уменьшился. А на вкладке Платежи отображается информация об оплате.